月经干净两天后又出现褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.子宫内膜修复不良：月经刚结束时，子宫内膜尚未完全修复，此时进行剧烈运动、性生活或使用卫生棉条等，可能导致子宫内膜再次脱落，引起褐色分泌物。
2.激素水平波动：排卵后，孕激素水平升高，使子宫内膜分泌期转化。若黄体功能不足，孕激素分泌减少，可能导致子宫内膜脱落，出现褐色分泌物。
3.妇科疾病：如子宫内膜息肉、子宫肌瘤、宫颈炎等，也可能导致月经干净后出现褐色分泌物。
4.宫内节育器：部分女性放置宫内节育器后，可能出现月经淋漓不尽的情况。
5.其他：服用紧急避孕药、子宫内膜异位症等也可能导致这种情况。
对于这种情况，建议采取以下措施：
1.注意个人卫生，保持外阴清洁。
2.避免性生活和使用卫生棉条等，以免刺激子宫。
3.注意休息，避免过度劳累和剧烈运动。
4.调整饮食，避免食用辛辣、刺激性食物。
5.如果褐色分泌物持续时间较长、量较多，或伴有其他不适症状，如腹痛、瘙痒等，应及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。
此外，如果是第一次出现这种情况，且有性生活，应排除怀孕的可能。如果近期有服用紧急避孕药，也可能是药物的副作用导致。对于这些情况，需要具体问题具体分析。
需要注意的是，每个人的情况可能不同，如果对褐色分泌物的原因存在疑虑，建议咨询医生，以获得更专业的建议和诊断。