阴茎根部皮肤有硬块且伴有疼痛，可能与多种原因有关，以下是一些可能的情况：
1.皮脂腺囊肿：由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿。这是一种良性病变，可发生于任何年龄，但以青壮年多见，好发于头面、颈项和背部。囊肿呈圆形，单发或多发，质地柔软，有弹性，高出皮面，与皮肤有粘连，中央可有一小色素点。如果合并感染，可有疼痛、化脓。
2.表皮样囊肿：是一种真皮内含有角质的囊肿，多由外伤引起，可发生于任何年龄，但以青壮年多见，好发于手背、手指及足背。囊肿呈圆形或椭圆形，表面光滑，质地硬，有弹性，与皮肤无粘连，无压痛，境界清楚。
3.脂肪瘤：是一种常见的软组织良性肿瘤，由成熟脂肪细胞构成，可发生于身体任何有脂肪的部位。好发于肩、背、颈、乳房和腹部，其次为四肢近端。脂肪瘤通常为单个，也可为多个，大小不一，呈扁圆形或分叶状，质软，可有假囊性感，不与表皮粘连，基底可移动，生长缓慢，极少恶变。
4.纤维瘤：是一种由纤维结缔组织组成的良性肿瘤，可发生于身体任何部位，好发于四肢、躯干及腹腔等。肿瘤为圆形或椭圆形，质地硬，边界清楚，活动度好，无压痛。
5.阴茎硬结症：是一种发生在阴茎海绵体两层筋膜之间的一种结缔组织增生性疾病，多见于中年人。病因尚不清楚，可能与阴茎的慢性损伤和炎症有关。硬结可在阴茎背侧或根部，呈单个或多个，大小不一，阴茎勃起时弯曲或疼痛，性交困难。
6.阴茎癌：是起源于阴茎头、冠状沟和包皮内板黏膜以及阴茎皮肤的恶性肿瘤。多见于包茎和包皮过长者，早期表现为阴茎头或包皮内板有丘疹、疣或溃疡，逐渐增大，可形成菜花样肿块，质脆易出血，有恶臭。晚期可出现阴茎疼痛、排尿困难、尿潴留、腹股沟淋巴结肿大等。
如果发现阴茎根部皮肤有硬块且伴有疼痛，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以确定病因，并采取相应的治疗措施。