生化妊娠往往由于无法收集到标本，所以难以确切知晓导致其发生的原因，一般认为其原因与自然流产的相同。主要包括以下几方面：
一、胚胎因素：
1.胚胎染色体异常是早期流产常见原因，其中染色体异常涵盖数目异常与结构异常。数目异常主要是以三体较为常见，像13-三体、16-三体、18-三体等。结构异常则为平衡易位倒置、缺失和重叠以及嵌合体等，此类相对少见。
二、母体因素：
1.全身性疾病：孕妇若患有某些全身性疾病，如严重感染、高热、严重贫血、心力衰竭、血栓性疾病等，都可能引发生化妊娠。
2.生殖器异常：像子宫畸形（如子宫发育不良、双子宫、双角子宫等），以及子宫肌瘤、子宫腺肌病等，均会对胚胎着床造成影响，从而导致生化妊娠。
3.内分泌异常：女性内分泌功能异常，例如黄体功能不全、高催乳素血症等，还有甲状腺功能减退、糖尿病血糖控制不佳等，都可诱发生化妊娠。
三、父亲因素：研究表明，精子的染色体异常也会致使生化妊娠或自然流产。
四、环境因素：过度接触放射性和砷、铅、甲醛、苯、氯丁二烯等化学物质，也可导致生化妊娠流产。
因此，一旦出现生化妊娠，需注意及时前往医院就诊，完善相关检查，以避免下次怀孕时再次出现生化妊娠。