生化妊娠是指精卵结合后，没有成功在子宫着床的妊娠。导致生化妊娠的原因有多种，比如胚胎因素，大约50% - 60%的生化妊娠是因为胚胎染色体异常，这是自然淘汰的过程；还有母体因素，像内分泌失调就是常见的一种，比如黄体功能不全，会影响孕激素的分泌，使得子宫内膜不利于受精卵着床；另外，子宫因素也可能导致生化妊娠，子宫发育不良、子宫内膜息肉、宫腔粘连等情况，都会干扰受精卵着床。
胚胎因素：
染色体异常是主因： 受精卵形成过程中，如果染色体出现数目或者结构的异常，就很容易发生生化妊娠。这种染色体异常是随机发生的，目前医学上对于染色体异常导致的生化妊娠还没有特别有效的预防方法，但这是自然选择中常见的情况，很多时候是胚胎自身质量不佳被淘汰。发生概率不低： 据统计，在早期妊娠丢失中，胚胎染色体异常占比较高，而生化妊娠作为早期妊娠丢失的一种，胚胎染色体异常是重要诱因。
母体内分泌失调：
黄体功能不全影响： 黄体分泌的孕激素对维持子宫内膜容受性很关键。如果黄体功能不全，孕激素分泌不足，子宫内膜就不能很好地转化，从而影响受精卵着床，增加生化妊娠的发生风险。比如一些患有多囊卵巢综合征的女性，往往存在黄体功能不全的情况，她们发生生化妊娠的几率相对更高。甲状腺功能异常关联： 甲状腺激素对生殖系统也有重要调节作用。甲状腺功能减退或者亢进都会影响怀孕，甲状腺功能减退时，机体代谢减慢，可能影响子宫内膜的状态，导致受精卵难以着床；甲状腺功能亢进时，激素水平紊乱也会干扰生殖过程，增加生化妊娠风险。
子宫因素：
子宫发育不良影响： 子宫是受精卵着床的场所，如果子宫发育不良，比如子宫偏小、形态异常等，会使子宫内膜的面积、厚度等不符合受精卵着床的要求，进而引发生化妊娠。一些先天性子宫发育异常的女性，就容易出现这种情况。宫腔病变的干扰： 子宫内膜息肉会占据宫腔内的空间，影响受精卵着床；宫腔粘连会导致子宫内膜受损，使得内膜的容受性降低。例如有过宫腔手术史的女性，像人工流产术后可能引发宫腔粘连，就会增加生化妊娠的发生几率。