生化妊娠是指精卵结合后，没有成功在子宫着床的妊娠现象，导致生化妊娠的原因主要有以下几方面：
胚胎因素
染色体异常： 大约50%-60%的生化妊娠是由于胚胎染色体异常导致的。受精卵在发育过程中，如果染色体出现数目或结构的异常，就难以正常着床，从而发生生化妊娠。比如，染色体数目异常可能是多了一条染色体或者少了一条染色体等情况。胚胎质量不佳： 即使染色体正常，胚胎自身的质量也可能存在问题。例如，在精子或卵子形成过程中受到不良因素影响，像精子的活力不够、卵子的成熟度不足等，都可能使形成的胚胎质量较差，难以成功着床。
母体因素
子宫内膜因素： 子宫内膜是胚胎着床的“土壤”，如果子宫内膜厚度不合适，比如过薄或过厚，都不利于胚胎着床。一般来说，子宫内膜厚度在8-12毫米比较适宜着床，如果小于8毫米，胚胎着床就会受到影响。另外，子宫内膜炎等疾病也会破坏子宫内膜的容受性，影响胚胎着床。内分泌因素： 体内激素水平失衡会导致生化妊娠。例如，黄体功能不全时，卵巢排卵后形成的黄体分泌孕激素不足，使得子宫内膜分泌反应不良，从而影响胚胎着床。据统计，约有20%-30%的生化妊娠与黄体功能不全有关。甲状腺功能异常也会对生化妊娠产生影响，甲状腺功能亢进或减退都会干扰激素的平衡，影响胚胎着床。
免疫因素
自身免疫异常： 母体自身存在免疫抗体，可能会攻击胚胎，导致着床失败。比如抗磷脂抗体综合征，体内的抗磷脂抗体可与胎盘滋养细胞结合，影响胎盘的血液循环，使胚胎得不到足够的营养供应，进而发生生化妊娠。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫排斥反应过强，也会导致生化妊娠。母体和胚胎之间存在免疫差异，正常情况下母体应该接受胚胎，但如果免疫调节机制出现异常，就会将胚胎视为“异物”进行排斥，阻止其着床。
其他因素
生活方式因素： 长期吸烟、酗酒会增加生化妊娠的风险。烟草中的尼古丁等有害物质以及酒精都会影响精子和卵子的质量，还会干扰内分泌系统，不利于胚胎着床。另外，过度肥胖或过度消瘦也可能导致内分泌紊乱，影响生殖功能，增加生化妊娠的发生几率。环境因素： 长期接触有毒有害物质，如甲醛、苯等化学物质，或者处于辐射环境中，都可能影响生殖细胞的质量，增加生化妊娠的可能性。