肾囊肿的发病原因目前尚未完全明确，但有一些常见因素与之相关。一般来说，遗传因素是其中一个重要方面，约有20% - 30%的肾囊肿患者有家族遗传倾向，比如常染色体显性多囊肾病，这是一种常见的遗传性肾病，会导致肾脏出现多个囊肿。
先天发育异常导致
肾小管憩室发展而成：在胚胎发育过程中，肾小管憩室是比较常见的现象，随着年龄增长，部分肾小管憩室可能会逐渐发展成为肾囊肿。一般在成年之后，这种憩室演变的情况会逐渐显现出来。先天发育缺陷影响：如果在胚胎时期肾脏的发育出现缺陷，比如集合管发育异常等情况，也可能为肾囊肿的形成埋下隐患，不过这种情况相对遗传因素来说占比相对小一些。
获得性因素相关
感染因素影响：长期反复的泌尿系统感染可能会对肾脏组织产生刺激，进而影响肾脏的正常结构和功能，增加肾囊肿发生的风险。例如，慢性肾盂肾炎患者相对来说肾囊肿的发生率可能会高于没有肾盂肾炎的人群。饮食生活习惯：长期高蛋白饮食、高盐饮食等不良饮食方式也可能对肾脏产生一定负担，影响肾脏的代谢等功能。另外，长期熬夜、过度劳累等不良生活习惯，会使身体的免疫力下降，也可能间接影响肾脏，增加肾囊肿的发病几率。比如长期高盐饮食会使血压容易升高，而高血压对肾脏血管等有不良影响，可能和肾囊肿的形成有一定关联。