肾囊肿的发病原因目前尚未完全明确，一般认为可能与多种因素有关。遗传因素是其中一个方面，比如常染色体显性遗传多囊肾病，约有85%的患者是由16号染色体上的PKD1基因和4号染色体上的PKD2基因发生突变导致的，这种疾病往往有家族聚集性。
先天发育异常导致
肾小管憩室演变：在胚胎发育过程中，肾小管憩室如果发生演变异常，就可能逐渐形成肾囊肿。胎儿时期肾脏的肾小管发育出现小的偏差，后续就有可能慢慢发展成囊肿结构。其他先天异常关联：一些先天性的肾脏结构异常，比如肾脏集合管发育异常等情况，也可能增加肾囊肿发生的风险，不过具体的关联机制还在进一步研究中。
年龄因素相关
成年人常见情况：随着年龄的增长，肾脏发生肾囊肿的几率会增加。一般在30 - 50岁以后，肾脏出现囊肿的可能性逐渐升高。这可能是因为随着年龄增加，肾脏的肾小管等结构出现退行性变化，更容易形成憩室进而发展为囊肿。儿童肾囊肿特点：儿童时期也可能出现肾囊肿，但相对成年人来说比例较低。儿童肾囊肿有的可能与先天发育异常关系更密切，而且儿童肾囊肿的类型和成年人可能有所不同，需要密切观察其变化情况。
疾病相关因素
高血压影响：长期患有高血压的人，肾脏的血管压力会发生改变，这可能影响肾脏的血流灌注和肾小管等结构的功能，从而增加肾囊肿形成的概率。有研究发现，高血压患者中肾囊肿的发生率比血压正常人群要高一些。肾脏感染因素：肾脏如果曾经有过感染，比如肾盂肾炎等，炎症刺激可能损伤肾脏组织，导致肾小管等结构出现异常改变，进而引发肾囊肿。反复的肾脏感染会持续对肾脏造成损害，增加肾囊肿发生的风险。