附件囊肿形成的原因较为复杂，可能与多种因素有关。一般来说，附件囊肿的形成涉及生理性因素、炎症性因素以及子宫内膜异位等情况。
生理性因素相关情况
排卵相关：在女性的生理周期中，排卵后形成的黄体可能会形成黄体囊肿，这是比较常见的生理性附件囊肿情况。通常这种囊肿一般较小，直径多在3cm左右，而且大多会在月经来潮后自行消失，不需要特殊处理。激素影响：体内激素水平的波动也可能导致附件囊肿形成。比如雌激素水平异常升高时，可能会刺激附件部位的组织增生，进而形成囊肿。青春期女性由于激素分泌不稳定，相对更容易出现因激素波动引起的附件囊肿。
炎症性因素相关情况
盆腔炎影响：盆腔的炎症长期刺激附件部位，会使附件组织发生炎性改变，导致局部组织粘连、渗出，进而形成囊肿。例如患有慢性盆腔炎的女性，炎症反复刺激附件，就可能增加附件囊肿的发生风险。输卵管炎症：输卵管发生炎症时，炎症可能会波及附件周围组织，引发输卵管积水等情况，进而形成囊肿样结构。如果输卵管炎症没有得到及时有效的治疗，这种囊肿可能会逐渐增大。
子宫内膜异位相关情况
异位内膜种植：子宫内膜组织异位到附件部位，在局部生长、增殖，就可能形成附件囊肿，这种囊肿被称为卵巢子宫内膜异位囊肿，也就是常说的“巧囊”。巧囊内通常含有类似巧克力样的黏稠液体，患者可能会出现痛经进行性加重等症状。周期性出血：异位的子宫内膜会像正常子宫内膜一样，随着月经周期出现周期性出血，血液积聚在附件部位就会形成囊肿，而且囊肿会随着时间推移逐渐增大。