附件囊肿的形成原因较为复杂，可能与以下因素有关。
1.内分泌因素：
下丘脑-垂体-卵巢轴功能异常：如果这一调节轴功能出现异常，可能导致卵巢产生过多雄激素，进而刺激卵巢间质、卵泡膜细胞产生过多的雄激素。高水平的雄激素可促进卵巢分泌功能亢进，使雌激素水平相对降低，导致无排卵，形成囊性滤泡，进而发展为卵巢囊肿。
黄体生成素分泌不足：在正常情况下，卵巢排卵后会形成黄体。如果黄体生成素分泌不足，会导致黄体功能不全，使孕激素分泌减少，子宫内膜分泌反应不良，进而出现排卵性月经失调和经期延长，使子宫内膜不规则脱卸，增加了发生子宫内膜异位症的风险，也会导致卵巢囊肿的形成。
2.遗传因素：
家族性遗传：据统计，20%～25%的卵巢肿瘤患者有家族史。
3.生活方式：
饮食结构不合理：高胆固醇饮食、维生素A、C、E的缺乏、吸烟、电离辐射等因素可能增加患卵巢囊肿的风险。
心理压力过大：长期的心理压力过大、不良情绪等可能会导致身体的内分泌失调，增加患卵巢囊肿的几率。
4.环境因素：
工业发达国家及上层社会妇女卵巢癌发病率高，可能与饮食中高胆固醇有关。另外，电离辐射及石棉、滑石粉会影响卵母细胞而增加诱发卵巢肿瘤的机会，吸烟及维生素A、C、E的缺乏也可能与发病有关。
5.其他：
输卵管炎症：可导致卵巢炎，进而发展为卵巢囊肿。
子宫内膜异位症：可使卵巢巧克力囊肿的发生率增加。
卵巢肿瘤：某些卵巢肿瘤，如颗粒细胞瘤、卵泡膜细胞瘤等，可分泌雌激素，刺激卵巢间质增生，进而形成囊肿。