巨细胞病毒感染的症状因感染人群不同而有所差异。对于健康成年人，多数感染后无明显症状，约1/3的人可能出现类似单核细胞增多症的表现，如发热、乏力、咽痛、淋巴结肿大等，一般持续1~3周可自行缓解。
儿童感染巨细胞病毒的症状
先天性感染： 部分胎儿在子宫内感染巨细胞病毒，可能出现生长受限、小头畸形、肝脾肿大、黄疸等症状，严重的还可能导致智力发育障碍、听力丧失等问题。婴幼儿后天感染： 婴幼儿感染后可能出现发热、皮疹、肺炎等表现，有的会有肝功能异常，如转氨酶升高等，还可能出现嗜睡、烦躁不安等精神方面的改变。
免疫功能低下人群感染巨细胞病毒的症状
器官移植受者： 如肾移植、肝移植等患者感染巨细胞病毒后，可能引发肺炎，出现咳嗽、呼吸困难等症状；也可能影响胃肠道，导致腹痛、腹泻、呕吐等；还可能累及中枢神经系统，出现头痛、意识障碍等表现。艾滋病患者： 艾滋病患者感染巨细胞病毒时，症状更为严重且多样，可能有严重的视网膜炎，导致视力下降甚至失明；胃肠道受累时会有严重的腹泻，持续时间长且难以控制；还可能出现发热、体重下降等全身消耗症状。
孕妇感染巨细胞病毒的症状
孕妇感染巨细胞病毒后，多数自身症状不明显，少部分可能出现发热、乏力、淋巴结肿大等类似感冒的症状。但对胎儿影响较大，可能造成胎儿宫内感染，引发流产、早产，或导致出生后的婴儿有智力低下、听力障碍、脉络膜视网膜炎等问题。