巨细胞病毒感染的症状因感染人群和感染部位不同而有所差异。对于健康成年人，初次感染巨细胞病毒时，约有1/3的人可能没有明显症状，而约2/3的人可能会出现类似传染性单核细胞增多症的表现，如发热，体温可达到38℃~39℃左右，可持续1~3周，还可能伴有乏力、咽痛、肌肉酸痛等症状。
婴幼儿感染症状
先天性感染： 婴儿在子宫内感染巨细胞病毒，可能出现生长受限，出生体重低于同孕周婴儿。还可能有黄疸，皮肤和巩膜发黄，持续时间较长；肝脾肿大，用腹部触诊能发现肝脏和脾脏比正常增大；血小板减少性紫癜，表现为皮肤出现瘀点、瘀斑。围生期感染： 婴儿通过产道或母乳感染巨细胞病毒，多数无症状，少部分会出现轻度肝炎，有肝肿大、肝功能异常等表现，如谷丙转氨酶、谷草转氨酶升高等。
免疫功能低下人群症状
艾滋病患者： 感染巨细胞病毒后，可引起多系统病变。肺部受累时，会出现咳嗽、呼吸困难等症状，胸部影像学检查可见间质性肺炎改变；胃肠道受累时，有腹痛、腹泻、便血等表现；眼部受累时，可引起巨细胞病毒性视网膜炎，导致视力下降甚至失明。器官移植受者： 移植后因免疫抑制剂使用，机体免疫功能受抑制，感染巨细胞病毒后，可能出现发热、肺炎、肝炎等表现。肺炎时咳嗽较剧烈，可能伴有气促；肝炎时出现乏力、食欲减退、黄疸等。
其他部位感染症状
呼吸道感染： 巨细胞病毒感染呼吸道时，可出现流涕、鼻塞等类似普通感冒的症状，但一般全身症状相对普通感冒更明显，发热持续时间较长。泌尿系统感染： 表现为尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状，尿液检查可能发现白细胞、红细胞增多等异常。