口腔溃疡的治疗药物选择需根据具体情况而定，一般来说，局部用药能较快缓解症状，比如使用西瓜霜喷剂，通常喷后1~2天能感觉到疼痛减轻。
局部外用药
口腔溃疡散：这是常见的局部用药，它是由多种中药制成，具有清热敛疮的作用。使用时取适量药粉涂于溃疡处，能帮助减轻疼痛，促进溃疡面愈合，一般每天可使用2~3次。重组人表皮生长因子凝胶：该凝胶可以促进口腔黏膜上皮细胞的增殖、迁移，加速溃疡创面的愈合。直接涂于溃疡表面即可，使用方便，一般每天涂抹2~4次。
全身用药情况
维生素类药物：当口腔溃疡是因缺乏维生素引起时，可补充维生素B₂。一般来说，成人每天摄入维生素B₂的推荐量是1.2~1.5毫克，通过口服维生素B₂片来补充，能从一定程度上预防和辅助治疗口腔溃疡。但如果是其他原因导致的口腔溃疡，单纯补充维生素B₂效果可能不明显。免疫调节类药物：对于反复发生且较为严重的口腔溃疡，可能会用到免疫调节类药物。比如转移因子口服液，它可以调节机体免疫功能，但儿童使用时需谨慎，要在医生指导下根据体重等情况来使用，一般是每次10毫升左右，每天1~2次。不过这类药物使用时需要严格遵循医嘱，因为其作用机制较为复杂，不当使用可能会带来一些不良反应。
特殊人群用药注意
儿童口腔溃疡：儿童发生口腔溃疡时，局部用药相对更安全。像儿童型的西瓜霜喷剂，要注意按照儿童的用量来使用，不能过量。而全身用药需格外谨慎，一般不轻易使用免疫调节类等药物，若需要使用维生素类药物补充，也要选择儿童专用的剂型，严格按照儿童的年龄和体重来计算剂量。孕妇口腔溃疡：孕妇出现口腔溃疡时，局部用药是主要的选择方式。例如孕妇可以使用生理盐水漱口来保持口腔清洁，也可以在医生评估后谨慎使用一些相对安全的局部溃疡散等药物。全身用药要非常慎重，因为很多药物可能会对胎儿产生影响，一般不随意使用全身的维生素类或免疫调节类药物，除非在医生权衡利弊后认为必须使用。