疟疾病的症状通常有明显的周期性发作。一般来说，典型的疟疾发作会经历潜伏期后，出现突发的高热，体温可迅速升高到39℃甚至更高，持续数小时后可能会大量出汗，体温骤降。
早期症状表现
寒战阶段： 患者会突然感觉寒冷，打寒战，面色苍白，嘴唇指甲发绀，寒战持续约10分钟到2小时。此时体温开始上升。发热阶段： 接着体温迅速上升，可达39℃ - 40℃或更高，患者感到酷热，头痛、全身酸痛、乏力等，发热持续2 - 6小时。
后续症状变化
出汗阶段： 之后进入大量出汗期，体温急剧下降，可降至正常或正常以下，出汗量很大，持续1 - 2小时。然后患者感觉身体逐渐舒适，但会有乏力感。不过，间日疟和卵形疟的潜伏期一般为13 - 15天，三日疟潜伏期为24 - 30天，恶性疟潜伏期较短，约9 - 14天。
重症疟疾症状
如果是重症疟疾，症状会更为严重且复杂。患者可能出现持续高热不退，伴有剧烈头痛、呕吐，甚至出现意识障碍，如嗜睡、昏迷等。还可能有贫血症状加重，因为疟原虫破坏红细胞，导致血红蛋白下降明显，出现面色苍白、心慌气短等。另外，重症疟疾患者还可能出现循环衰竭，表现为血压下降、脉搏细速等，或者有呼吸急促等呼吸系统症状。而且，恶性疟如果没有及时治疗，病情进展迅速，可能在短时间内危及生命。