怀孕初期上厕所时用纸巾擦拭有褐色分泌物，可能是以下原因：
1.先兆流产：怀孕初期，胚胎着床不稳定，过度劳累、性生活、孕酮低等因素可能导致先兆流产，出现阴道少量流血，常为暗红色或血性白带。此时需及时就医，医生一般会建议卧床休息、使用黄体酮等保胎药物。
2.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为宫外孕，以输卵管妊娠最常见。宫外孕时，胚胎发育不良，随着孕囊的生长，会导致输卵管破裂，引起大出血，甚至危及生命。宫外孕常表现为一侧下腹隐痛或胀痛，伴有阴道少量流血。一旦怀疑宫外孕，应立即就医，进行B超检查等，明确诊断后，采取相应的治疗措施。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性滋养细胞疾病，与妊娠相关。停经后阴道流血是葡萄胎的典型症状，多为反复少量出血，可自行停止。B超检查可协助诊断。确诊后需及时清宫，并定期随访。
4.其他：宫颈息肉、宫颈炎等也可能导致阴道少量出血。
总之，怀孕初期出现褐色分泌物，需要引起重视，及时就医，明确原因，并采取相应的措施。同时，要注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅。