怀孕后上厕所时发现褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：在怀孕早期，胚胎着床不稳固，可能会出现少量阴道流血，通常表现为褐色分泌物。此外，还可能伴有下腹部疼痛、腰部酸痛等症状。如果出血量增加或出现鲜红色血液，可能是流产的迹象，需要及时就医。
2.异位妊娠：受精卵在子宫以外的部位着床，如输卵管、卵巢等，也会导致阴道流血。异位妊娠可能会引起腹痛、恶心、呕吐等症状，如果不及时治疗，可能会导致破裂出血，危及生命。
3.宫颈疾病：宫颈炎、宫颈息肉等宫颈疾病也可能导致阴道流血，通常表现为性生活后或妇科检查后出血。
4.其他原因：葡萄胎、胎盘前置、胎盘早剥等也可能导致怀孕期间出现褐色分泌物。
如果怀孕后出现褐色分泌物，建议及时就医，进行相关检查，如B超、血HCG和孕酮等，以确定原因，并采取相应的治疗措施。在就医前，应注意卧床休息，避免剧烈运动和性生活，保持外阴清洁。同时，应放松心情，避免紧张和焦虑情绪，这对胎儿的健康也非常重要。