怀孕两个月上厕所时发现纸巾擦拭有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕后，尤其是怀孕早期，由于胚胎发育尚不稳定，如果孕妇进行了剧烈运动、提重物、性生活等，可能会刺激子宫收缩，导致先兆流产，出现阴道少量出血，常为暗红色或血性白带。此外，孕妇患有子宫肌瘤、子宫畸形等，也可能导致先兆流产。如果出现先兆流产，孕妇应及时就医，进行超声检查、孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）检测等，以确定胚胎的发育情况。如果胚胎发育良好，应遵医嘱进行保胎治疗，如卧床休息、使用黄体酮等孕激素类药物。如果胚胎发育不良，可能需要终止妊娠。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外的部位着床发育，称为异位妊娠，也称宫外孕。异位妊娠时，受精卵在输卵管内逐渐发育，导致输卵管破裂，引起大出血，甚至危及生命。异位妊娠的早期症状与先兆流产相似，也可能出现阴道少量出血，但多为鲜红色或伴有腹痛。如果怀疑异位妊娠，应及时就医，进行超声检查、血hCG检测等，以明确诊断。一旦确诊异位妊娠，应尽早进行治疗，可选择手术治疗或药物治疗。
3.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜的增生突出于宫颈外口，常为单个或多个，色红质脆，容易出血。怀孕后，由于激素水平的变化，宫颈息肉可能会增大，导致阴道少量出血。宫颈息肉一般通过妇科检查即可确诊，如果确诊为宫颈息肉，可在医生的指导下进行息肉摘除术。
4.其他：胎盘前置、胎盘早剥、阴道炎、宫颈炎等也可能导致怀孕两个月时出现褐色分泌物。
总之，怀孕两个月上厕所时发现纸巾擦拭有褐色分泌物，需要引起重视，及时就医，进行相关检查，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅，按时产检。