如果拔完智齿两天后仍然疼痛，可能是由以下原因引起的：
1.正常现象：智齿拔除后，创口的愈合需要一定的时间，通常在3-5天内会逐渐缓解。在这期间，可能会有轻微的疼痛和不适感。
2.感染：如果拔牙后创口发生感染，会导致疼痛加剧、红肿、发热等症状。
3.干槽症：干槽症是一种较为严重的并发症，通常在拔牙后3-4天出现，表现为剧烈的疼痛，拔牙窝内空虚，有臭味。
4.其他：如邻牙损伤、神经损伤等。
针对不同的原因，可以采取以下措施：
1.观察：如果疼痛不剧烈，没有明显的红肿、发热等症状，可以先观察一段时间，注意口腔卫生，避免食用辛辣、刺激性食物。
2.服用止痛药：如果疼痛难以忍受，可以在医生的指导下服用止痛药，如布洛芬、对乙酰氨基酚等。
3.局部冷敷：用冰袋或冷毛巾敷在拔牙侧的面部，每次15-20分钟，每天数次，可以缓解疼痛和肿胀。
4.就医：如果疼痛持续加重，伴有明显的红肿、发热等症状，或者出现其他异常情况，应及时就医，进行检查和治疗。医生可能会根据具体情况进行相应的处理，如清创、使用抗生素等。
需要注意的是，每个人的情况都可能不同，如果对拔牙后的疼痛情况有任何疑问或担忧，应及时咨询医生。同时，拔牙后要遵循医生的建议，注意口腔卫生，避免用拔牙侧咀嚼，以免影响创口愈合。