智齿拔除三天后仍疼痛，可能是由以下原因引起的：
1.正常现象：智齿拔除后，创口的愈合需要一定的时间，通常在一周左右。在这期间，创口可能会出现轻微的疼痛和肿胀，这是正常的术后反应。如果疼痛不是很剧烈，可以通过冷敷、口服止痛药等方式缓解。
2.感染：如果拔牙后创口发生感染，也会导致疼痛加剧。感染的症状还包括创口红肿、发热、口臭等。如果出现感染，需要及时就医，医生可能会给予抗生素治疗。
3.干槽症：干槽症是一种较为严重的并发症，多发生在拔牙后2-3天。其主要症状是创口剧烈疼痛，且止痛药无法缓解。干槽症的发生可能与拔牙时创伤较大、术后感染等因素有关。如果怀疑有干槽症，需要及时就医，医生会对创口进行清创处理，并使用抗生素。
4.邻牙或其他牙齿问题：智齿拔除后，如果邻牙或其他牙齿存在问题，也可能会引起疼痛。例如，邻牙龋齿、牙髓炎等。
5.其他：如果患者本身有其他疾病，如糖尿病、高血压等，也可能会影响创口的愈合，导致疼痛持续。
如果智齿拔除三天后仍疼痛，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以便确定疼痛的原因，并采取相应的治疗措施。同时，在拔牙后的恢复期间，需要注意以下几点：
1.避免用拔牙侧咀嚼食物，以免加重创口的损伤。
2.避免食用辛辣、刺激性食物，以及过热、过冷的食物，以免刺激创口。
3.保持口腔清洁，饭后及时漱口，避免食物残渣残留。
4.按照医生的要求服用止痛药和抗生素，如果有任何不适，及时告知医生。
5.注意休息，避免过度劳累和紧张。