上小便会刺痛可能由多种原因引起，比如泌尿系统感染，其中尿道炎较为常见，大约有30% - 50%的尿道炎患者会出现小便刺痛的症状。
泌尿系统感染导致
膀胱炎：除了小便刺痛，还可能有尿频、尿急，严重时尿液可能混浊，甚至出现血尿。一般是细菌经尿道上行感染膀胱引起，女性由于尿道短而直，相对更容易患上膀胱炎。尿道炎：除了小便刺痛，还可能有尿道分泌物，初期分泌物较稀薄，后期可能变得黏稠，颜色发黄。不洁性生活是引起尿道炎的常见原因之一。
泌尿系统结石引发
尿道结石：除了小便刺痛，还可能有排尿困难，尿线变细，呈点滴状，甚至出现尿潴留。尿道结石可能是肾脏或膀胱结石排出过程中停留在尿道所致。膀胱结石：除了小便刺痛，还可能有排尿中断现象，改变体位后又能继续排尿。膀胱结石的形成与尿路梗阻、感染等因素有关。
其他原因造成
化学物质刺激：长期使用某些刺激性较强的卫生用品，或者接触某些化学物质，可能导致尿道黏膜受到刺激，引起小便刺痛。比如一些劣质的女性卫生湿巾，可能会刺激尿道。过敏反应：对避孕套、润滑剂等物质过敏，也可能出现小便刺痛的情况，同时可能伴有尿道周围瘙痒、皮疹等表现。