甲状腺瘤的病因目前尚未完全明确，可能与多种因素有关。一般认为，遗传因素可能在其中起到一定作用，比如有家族甲状腺瘤病史的人群，发病风险可能相对较高。另外，碘的摄入异常也可能是诱因之一，长期碘缺乏或碘过量都可能影响甲状腺的正常功能，增加甲状腺瘤的发生几率。还有，放射性物质的接触也是一个因素，比如儿童时期头颈部接受过放射性照射，日后患甲状腺瘤的可能性会增加。
遗传因素相关
遗传易感性： 研究发现，部分甲状腺瘤具有一定的遗传倾向。如果家族中有直系亲属患有甲状腺瘤，那么其他家族成员患甲状腺瘤的风险比一般人群要高一些。但这并不是说有家族史就一定会患病，只是相对来说发病几率有所增加。特定基因变异： 某些特定的基因变异可能与甲状腺瘤的发生相关。不过目前对于具体是哪些基因以及如何通过基因来准确评估患病风险等还在进一步的研究当中，但可以确定遗传因素是甲状腺瘤病因里不可忽视的一方面。
碘摄入异常方面
碘缺乏情况： 当人体长期处于碘缺乏的环境中时，甲状腺会通过自身调节来试图摄取更多的碘，长期的这种代偿性变化可能会导致甲状腺组织增生，进而增加甲状腺瘤的发生风险。比如在一些远离海洋、碘摄入不足的内陆地区，甲状腺瘤的发病率可能相对稍高一些。碘过量状况： 相反，长期碘过量也不利于甲状腺健康。过多的碘摄入会干扰甲状腺激素的正常合成和分泌，影响甲状腺的正常生理功能，也可能促使甲状腺组织出现异常增生，增加甲状腺瘤的发生可能性。比如一些长期大量食用含碘丰富且过量的食物，像某些高碘地区的人群，患甲状腺瘤的风险也可能升高。
放射性物质接触影响
儿童期放射性照射： 儿童时期如果头颈部因为疾病等原因接受过放射性照射，比如头部肿瘤的放射治疗等，那么在之后的生长发育过程中，甲状腺受到放射性损伤，患甲状腺瘤的概率会明显增加。因为儿童时期甲状腺细胞处于相对活跃的增殖状态，对放射性物质更为敏感，受到损伤后容易发生异常改变。职业性放射性接触： 一些从事特殊职业，长期接触放射性物质的人群，像某些核工业相关行业的工作人员，如果没有做好防护措施，甲状腺瘤的发病风险也会高于普通人群。他们长期处于放射性环境中，甲状腺不断受到放射性因素的影响，细胞容易发生突变等情况，从而引发甲状腺瘤。