毛囊炎的治疗药物需根据病情轻重等因素选择，一般来说，外用药物是常用的治疗方式。对于较轻的毛囊炎，可选用莫匹罗星软膏等抗生素类外用药。这类药物能抑制细菌生长，帮助缓解症状。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 它是一种局部外用的抗生素，适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，对于毛囊炎有较好的治疗作用。它能阻止细菌蛋白质的合成，从而发挥杀菌作用。一般直接涂抹在患处即可。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌活性。它通过抑制细菌的蛋白质合成来达到抗菌效果，可用于治疗轻中度的毛囊炎。
抗真菌类外用药物
酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌感染导致的毛囊炎，酮康唑乳膏就比较适用。酮康唑能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌代谢，从而发挥抗真菌作用。特比萘芬乳膏： 同样适用于真菌性毛囊炎，它可以特异性地干扰真菌固醇的早期生物合成，起到杀菌和抑菌的作用。
其他外用药物
鱼石脂软膏： 对于毛囊炎初期，有红肿疼痛但还未化脓的情况，鱼石脂软膏有一定效果。它可以起到消肿、消炎、促进脓肿成熟的作用。使用时涂抹在患处，能帮助改善症状。碘酊： 也可用于毛囊炎的治疗，它有较强的杀菌作用。不过使用时要注意，碘酊对皮肤有一定刺激性，一般用于皮肤破损处周围的皮肤消毒，对于毛囊炎局部，使用要谨慎，避免刺激过度。