毛囊炎的治疗药物需根据病情轻重等选择，一般轻度毛囊炎可外用药物为主，中重度可能需要配合口服药物。
外用药物常见类型
抗生素类外用药： 莫匹罗星软膏是常用的外用抗生素，它能抑制细菌的蛋白质合成，从而发挥杀菌作用，适用于细菌感染引起的毛囊炎。还有夫西地酸乳膏，对引起毛囊炎的常见细菌有较好的抗菌活性，可涂抹在患处。抗真菌类外用药： 如果是真菌性毛囊炎，像酮康唑乳膏就可以使用，它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌代谢，达到抗真菌效果。联苯苄唑乳膏也是抗真菌常用药，能抑制真菌细胞膜的合成，对多种真菌有抑制作用。
口服药物情况
抗生素类口服药： 当毛囊炎比较严重，外用药物效果不佳时，可能会用到口服抗生素。比如头孢类抗生素，若患者对头孢不过敏，可用于治疗细菌感染导致的中重度毛囊炎，它能阻碍细菌细胞壁的合成，从而杀灭细菌。还有多西环素，也可用于治疗毛囊炎，它能抑制细菌蛋白质的合成，发挥抗菌作用。抗真菌类口服药： 如果是顽固的真菌性毛囊炎，可能会用到口服抗真菌药，如伊曲康唑。它能抑制真菌细胞色素P450依赖酶，影响真菌细胞膜合成，起到抗真菌作用，但使用时需注意监测肝功能等。
特殊人群用药注意
儿童患者： 儿童患毛囊炎时，外用药物选择要谨慎，像婴幼儿使用莫匹罗星软膏等外用抗生素时，要遵循医嘱，小面积涂抹。口服药物更要严格遵医嘱，因为儿童的肝肾功能发育不完全，一些药物可能会对其产生不良影响，比如较小的儿童一般不轻易使用口服的抗真菌药等。孕妇患者： 孕妇患毛囊炎时，外用药物相对安全些，但也需在医生指导下选择。口服药物则要非常慎重，很多口服药可能会通过胎盘影响胎儿，所以一般会尽量选择外用药物治疗，若必须用口服药，需医生充分评估利弊后谨慎使用。