毛囊炎的治疗药物需根据病情轻重等选择，一般较轻的毛囊炎外用药物即可，比如2%莫匹罗星软膏，它能抑制细菌生长，起到抗感染作用。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏：适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，对于金黄色葡萄球菌等导致的毛囊炎有较好的抗菌效果。它可以直接涂抹在毛囊炎的患处，一天涂抹2 - 3次，能帮助减轻炎症、消除红肿。夫西地酸乳膏：对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌活性。使用时取适量均匀涂抹于患处，一天用药2 - 3次，能缓解毛囊炎的症状。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏：如果毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌感染导致的毛囊炎，酮康唑乳膏就可以发挥作用。它能抑制真菌细胞膜的合成，从而达到抗真菌的效果。一般是早晚各涂抹一次在患处。联苯苄唑乳膏：同样用于治疗真菌引起的毛囊炎，通过抑制真菌的麦角甾醇合成来发挥抗真菌作用。使用方法是清洗患处后，取适量本品涂抹，一日一次。
中药类外用药
如意金黄散：可以用醋或蜂蜜调成糊状后外敷在毛囊炎患处，有清热解毒、消肿止痛的功效，能帮助减轻毛囊炎局部的红肿热痛等症状。一般每天敷1 - 2次。鱼石脂软膏：有消肿、防腐及促进吸收的作用，适用于毛囊炎初期红肿疼痛明显的时候。将软膏涂抹在患处，一天1 - 2次，能促进炎症的消散。不过，在使用药物治疗毛囊炎时，还需要注意保持皮肤清洁卫生，避免搔抓患处，防止感染加重。如果毛囊炎比较严重，出现大面积红肿、发热、疼痛明显或者伴有发热等全身症状时，可能还需要结合口服药物治疗，但具体用药需在医生指导下进行。