滴虫性尿道炎主要通过药物治疗。通常可以选用甲硝唑等药物来治疗，一般经过规范治疗，多数患者能取得较好疗效。
药物治疗选择
甲硝唑： 是治疗滴虫性尿道炎的常用药物，它能抑制滴虫的生长繁殖。一般来说，口服甲硝唑可以起到杀灭滴虫的作用。不过，用药需要在医生指导下进行。替硝唑： 也可用于治疗滴虫性尿道炎，其作用机制与甲硝唑类似，对滴虫有较好的抑制和杀灭效果。
日常护理要点
个人卫生： 要保持外阴清洁干燥，每天用温水清洗外阴，勤换内裤。内裤最好选择棉质的，透气性好。比如每天至少更换一次内裤，清洗后的内裤要在阳光下暴晒，利用紫外线起到杀菌作用。避免性生活： 在治疗期间应避免性生活，因为滴虫性尿道炎可以通过性接触传播，性生活可能会导致交叉感染，使得病情反复或者传染给性伴侣。一般建议治疗结束后复查滴虫阴性，且连续复查2 - 3次都为阴性后，再考虑恢复性生活。
性伴侣治疗要求
性伴侣同时治疗： 滴虫性尿道炎患者的性伴侣也需要同时接受治疗，即使性伴侣没有明显症状，也有可能携带滴虫。如果不同时治疗，治愈后的患者可能会再次被性伴侣传染，导致病情复发。所以性伴侣需要服用与患者相同的治疗药物进行治疗，以防止交叉感染。
复查随访重要性
定期复查： 在治疗结束后，需要定期进行复查。一般在治疗后1周左右复查阴道分泌物或者尿液中的滴虫情况。如果复查结果为阳性，可能需要调整治疗方案；如果复查多次均为阴性，才能认为基本治愈。例如，治疗后第7天、第14天、第21天分别进行复查，确保滴虫完全被清除。