肛窦炎可选用的药物有抗生素类、肛门局部用药等，具体效果因个体差异而异。一般来说，抗生素类药物可选用甲硝唑等，肛门局部用药可选用痔疮栓等。
抗生素类药物
甲硝唑： 甲硝唑对厌氧菌有较好的抗菌作用，可用于肛窦炎的治疗。它能抑制细菌的代谢过程，起到杀菌消炎的效果。不过，儿童使用时需谨慎，2岁以下儿童不建议使用。头孢类抗生素： 如头孢拉定等，属于广谱抗生素，能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用。但使用前需确认患者是否对头孢类药物过敏，有过敏史者禁用。
肛门局部用药
痔疮栓： 部分痔疮栓具有消肿、止痛、消炎的作用，可用于肛窦炎引起的肛门不适等症状。使用时要注意正确的用药方法，将栓剂轻轻塞入肛门内。一般来说，睡前使用效果可能较好，但儿童使用需在医生指导下进行。肛泰软膏： 具有清热解毒、消肿止痛的功效，局部涂抹于肛门周围，能缓解肛窦炎导致的疼痛、红肿等症状。使用时要注意保持肛门局部清洁，用药部位如有烧灼感等不适需停药。
中药坐浴药物
苦参汤： 由苦参、蛇床子、白芷、金银花、菊花、黄柏、地肤子、大菖蒲等中药组成，具有清热解毒、燥湿止痒的作用。将药物煎水后进行坐浴，可改善肛窦炎引起的肛门瘙痒、疼痛等症状。坐浴时水温要适宜，避免烫伤，儿童坐浴需在成人监护下进行。复方黄柏液涂剂： 由黄柏、连翘、金银花等中药提取而成，有清热解毒、消肿祛腐的作用。可用于肛窦炎的辅助治疗，外用涂抹或湿敷于患处，但儿童使用时要严格遵循医生的建议。