肛窦炎治疗时，药物治疗是常见手段，一般可选用抗生素类药物等，但具体起效快慢因个体差异等因素有所不同。通常可以通过局部用药和全身用药来改善症状。
局部外用药物
栓剂类药物： 可以使用痔疮栓等局部栓剂，将其塞入肛门内，能起到消炎、消肿的作用，一般用药后数小时可能会感觉到局部不适有所缓解，不过具体起效时间因人而异。例如复方角菜酸酯栓，它能保护直肠黏膜，减轻炎症刺激。洗剂类药物： 常用的有高锰酸钾溶液，按一定比例稀释后进行坐浴，一般坐浴15 - 20分钟左右，能清洁肛门局部，改善血液循环，抑制细菌生长，使用后可能在较短时间内让局部的坠胀、瘙痒等症状有所减轻，但也受浓度、个体对药物反应等影响。
全身应用抗生素
口服抗生素： 如果肛窦炎是细菌感染引起，可口服头孢类抗生素等。一般服用后，药物经胃肠道吸收，随着血液循环到达感染部位发挥作用，通常可能在1 - 2天左右开始看到症状的改善迹象，但具体也和感染的严重程度以及个体对药物的敏感性有关。比如头孢克肟胶囊，对多种细菌有抑制作用，能帮助控制肛窦的炎症。不过需要注意，对头孢类药物过敏者不能使用。静脉用抗生素： 对于病情较重、口服药物效果不佳的患者，可能会静脉输注抗生素，如左氧氟沙星注射液等。静脉用药能使药物更快达到血液中的有效浓度，一般起效相对口服可能会快一些，可能在用药后几个小时内就能感觉到症状有一定程度的缓解，但具体还得看病情实际情况。不过使用静脉抗生素时需要严格遵循用药规范，并且要注意可能出现的药物不良反应等。
对症治疗药物
止痛药物： 当肛窦炎引起明显疼痛时，可使用布洛芬缓释胶囊等非甾体抗炎镇痛药。一般服用后约30 - 60分钟左右可能会起到止痛效果，能缓解患者的疼痛不适，但它只是对症缓解症状，不能从根本上治疗肛窦炎本身。不过要注意，有消化道溃疡等病史的患者要慎用此类药物。需要注意的是，药物治疗肛窦炎的效果和起效时间会因个体差异、病情严重程度等不同而有所不同，而且在用药过程中要严格遵循医生的指导，同时，除了药物治疗外，患者还需要注意保持肛门局部清洁卫生，避免食用辛辣刺激性食物等，这样才能更好地促进病情恢复。