子宫肌瘤确切病因尚未明了，可能与多种因素有关。目前认为，子宫肌瘤的发生发展可能涉及到遗传易感性、性激素水平以及干细胞功能失调等多方面因素。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 有研究表明，约20%~50%的子宫肌瘤患者有家族史。如果母亲患有子宫肌瘤，其女儿患子宫肌瘤的风险可能会增加。比如有家族中母女、姐妹同时患子宫肌瘤的情况存在。染色体异常： 子宫肌瘤细胞中存在一些染色体的异常，例如常见的12号染色体和14号染色体易位等，这提示遗传物质的改变在子宫肌瘤的发生中起到一定作用。
性激素水平影响
雌激素作用： 雌激素是促使子宫肌瘤生长的主要因素之一。子宫肌瘤组织中雌激素受体（ER）和孕激素受体（PR）含量明显高于周边肌组织，雌激素能促进子宫肌瘤细胞的有丝分裂、刺激肌瘤生长。育龄期女性由于体内雌激素水平相对较高，这个时期子宫肌瘤容易生长或增大，而绝经后女性雌激素水平下降，子宫肌瘤通常会停止生长，甚至出现萎缩。孕激素影响： 孕激素也会对子宫肌瘤产生影响，它可以促进肌瘤细胞的增殖。孕激素受体（PR）能介导孕激素的作用，高水平的孕激素会刺激子宫肌瘤细胞的分裂和生长。
干细胞功能失调
平滑肌干细胞异常： 子宫肌瘤被认为起源于子宫肌层的平滑肌干细胞。正常情况下，平滑肌干细胞处于相对静止状态，但在某些因素作用下，平滑肌干细胞发生异常增殖，从而形成子宫肌瘤。例如干细胞的增殖调控机制出现紊乱，导致其过度增殖形成肌瘤样组织。总之，子宫肌瘤的发生是多种因素共同作用的结果，遗传易感性、性激素水平变化以及干细胞功能失调等都在其中扮演着重要角色，但具体的发病机制仍在不断研究探索中。