马拉色菌毛囊炎主要通过抗真菌药物治疗，一般规范治疗后可逐渐改善。通常可以选用酮康唑、伊曲康唑等抗真菌药物。
外用抗真菌药物选择
酮康唑洗剂：可以先用含有酮康唑的洗剂清洗患处，能抑制马拉色菌生长。一般建议每周使用2 - 3次，连续使用几周，能起到一定的清洁和抗真菌作用。联苯苄唑乳膏：这是一种外用抗真菌药膏，直接涂抹在患处，每天1次，持续使用2 - 4周左右，对马拉色菌有抑制效果。
口服抗真菌药物运用
伊曲康唑：对于病情较重的患者可以考虑口服伊曲康唑，但需要在医生指导下使用。一般疗程可能需要数周，使用过程中要注意监测肝功能等指标。不过2岁以下儿童不建议使用伊曲康唑，孕妇也禁用。氟康唑：也可用于马拉色菌毛囊炎的治疗，同样要在医生评估后使用，儿童使用需谨慎，要根据体重等情况调整剂量。
日常护理注意事项
保持皮肤清洁干燥：患者要注意保持发病部位的皮肤清洁，出汗后及时清洗，勤换衣物，尤其是贴身的衣物要选择透气吸汗的材质，比如棉质的。建议每天至少清洗患处1 - 2次，保持皮肤处于相对干燥的状态，这样有利于抑制马拉色菌的繁殖。避免搔抓：要告诫患者不要用手搔抓患处，因为搔抓可能会导致皮肤破损，一方面容易继发细菌感染，另一方面可能会使马拉色菌扩散，加重病情。一旦皮肤破损，感染风险会增加10%左右。注意环境通风：居住环境也要保持通风良好，室内温度不宜过高，湿度也不宜过大，因为马拉色菌在温暖潮湿的环境中容易滋生，保持室内相对湿度在40% - 60%比较合适，温度维持在22 - 26℃左右。