灰趾甲医学上称为甲真菌病，治疗方法主要有外用药物、口服药物以及手术治疗等。一般来说，外用药物治疗相对比较安全，但疗程较长，可能需要3~6个月甚至更久；口服抗真菌药物疗效较好，但需要注意药物的肝毒性等不良反应，通常疗程在3个月左右。
外用药物治疗
局部擦药：常用的有阿莫罗芬搽剂，它能渗透进甲板发挥抗真菌作用。使用时要先将病甲尽量修薄，然后再涂抹药物，每周使用1~2次。环吡酮胺乳膏：属于广谱抗真菌药物，可抑制真菌细胞膜的合成。直接涂抹在病甲及周围皮肤，每天使用1~2次。
口服药物治疗
伊曲康唑：采用冲击疗法，即吃1周停3周为一个疗程，一般需要2~3个疗程。它对皮肤癣菌、酵母菌等多种真菌有抑制作用。但需要注意，用药前要检查肝功能，用药过程中也要定期监测肝功能。特比萘芬：每天口服一次，疗程相对较短，一般手指甲真菌病需要服用6~8周，脚趾甲真菌病需要服用12周左右。同样，用药前和用药过程中也需要关注肝功能情况。
手术治疗
病甲清除术：适用于单发的轻症患者。可以用手术刀片将病甲逐步刮除，然后再配合外用抗真菌药物。不过术后要注意保持局部清洁，避免感染，而且术后新长出的指甲仍有复发真菌感染的可能。拔甲术：对于病情较为严重、多个指甲受累的情况，可以考虑拔甲。但拔甲创伤相对较大，术后恢复需要一定时间，并且拔甲后也需要配合抗真菌药物治疗来防止复发。
日常注意事项
保持足部清洁干燥：每天要清洗双脚，洗完后彻底擦干，尤其是脚趾缝之间。穿透气性好的鞋子和袜子，尽量选择棉质袜子，让脚部保持干燥环境，不利于真菌生长。避免交叉感染：不要与他人共用拖鞋、脚盆、毛巾等生活用品。在公共浴室、泳池等场所要注意防护，防止接触到真菌而再次感染灰趾甲。