反流性食管炎主要是由于抗反流屏障结构与功能异常、食管清除作用降低以及食管黏膜屏障功能降低等多种因素导致的。据研究，有超过40%的反流性食管炎患者存在食管下括约肌压力降低的情况。
抗反流屏障结构与功能异常方面
食管下括约肌功能障碍： 食管下括约肌是食管末端的一环肌肉，正常情况下它收缩能阻止胃内容物反流到食管。当食管下括约肌压力降低时，比如部分人群食管下括约肌压力比正常人低30%以上，就容易出现反流。像一些肥胖人群，由于腹腔内压力增高，会压迫食管下括约肌，使其功能受到影响。食管下括约肌周围结构异常： 食管裂孔疝是常见的导致反流的结构异常情况。约有60%的反流性食管炎患者合并食管裂孔疝，食管裂孔疝会使食管下括约肌的正常解剖结构发生改变，削弱抗反流屏障。
食管清除作用降低方面
唾液分泌减少： 正常情况下唾液可以帮助清除食管内的反流物。当唾液分泌减少时，比如一些老年人唾液分泌功能减退，每小时唾液分泌量较年轻人减少40%左右，就会影响食管对反流物的清除能力。食管蠕动异常： 食管蠕动可以将反流物向胃方向推进。如果食管蠕动功能出现障碍，例如硬皮病患者，其食管蠕动速度明显减慢，食管排空时间延长，反流物在食管内停留时间增加，就容易引发反流性食管炎。
食管黏膜屏障功能降低方面
食管上皮表面黏液、碳酸氢盐分泌不足： 食管上皮表面的黏液和碳酸氢盐可以保护食管黏膜免受胃酸等反流物的损伤。当这两者分泌不足时，比如长期吸烟的人，烟草中的有害物质会影响黏液和碳酸氢盐的分泌，使食管黏膜更容易受到反流胃酸的侵蚀。食管黏膜血流量减少： 正常的食管黏膜血流量能为黏膜提供营养和修复能力。如果食管黏膜血流量减少，像一些患有动脉硬化的患者，食管黏膜的营养供应和修复功能下降，对反流物的抵御能力就会降低，从而增加反流性食管炎的发病风险。