肾综合征出血热主要有发热期、低血压休克期、少尿期、多尿期和恢复期等阶段，不同阶段症状有所不同。一般来说，发病初期多有发热症状，体温可达到39~40℃，同时还会伴有全身中毒症状，如头痛、腰痛、眼眶痛等“三痛”，以及恶心、呕吐、腹痛、腹泻等消化道症状。
发热期症状：
发热表现： 起病急骤，体温多在1~2日内达到39~40℃的高热，热型以弛张热为主，部分患者呈稽留热或不规则热，发热持续时间一般为3~7天。全身中毒症状： 患者会出现明显的全身不适，头痛较为剧烈，通常是双侧头部胀痛；腰痛也是比较突出的症状，疼痛部位主要在双侧腰部，活动时加重；还有眼眶痛，眼球转动时明显，这就是前面提到的“三痛”。另外，患者还会有乏力、食欲减退等表现，精神萎靡。
低血压休克期症状：
血压变化： 一般在发热末期或热退同时出现血压下降，收缩压低于90mmHg，脉压差小于20mmHg。患者会感觉头晕、心慌、口渴，四肢发凉，皮肤黏膜由红润转为苍白，体表温度降低。严重时会出现烦躁不安、意识障碍等情况。其他表现： 此期患者还可能有尿量减少、皮肤黏膜出血点增多等表现，出血点可由小的瘀点逐渐融合成瘀斑。
少尿期症状：
尿量减少： 24小时尿量少于400ml为少尿，少于50ml为无尿。患者会出现尿毒症、酸中毒和水电解质紊乱等表现，如恶心、呕吐、腹胀、意识障碍等。电解质紊乱： 可出现高血钾、低血钠、低血钙等情况，高血钾时患者会有心律失常、心跳减慢等表现，低血钠时患者会有头晕、嗜睡等表现，低血钙时可能会出现手足抽搐。
多尿期症状：
尿量增多： 随着肾功能的逐渐恢复，尿量开始增多，24小时尿量超过2000ml进入多尿期，可达到3000~6000ml甚至更多。此期分为移行期、多尿早期和多尿后期。移行期尿量虽有所增多，但血尿素氮和肌酐等反而上升；多尿早期尿量继续增多，尿素氮、肌酐仍可升高；多尿后期尿量逐渐恢复正常，但此期患者容易出现脱水和电解质紊乱，如低钾、低钠等。其他表现： 由于大量排尿，患者可能会感到口渴，若不及时补充水分，会导致脱水，同时血钾降低会引起四肢无力、心律失常等。
恢复期症状：
症状逐渐消失： 经过多尿期后，尿量恢复正常，各种临床症状如发热、出血、中毒症状等基本消失。患者一般需要1~3个月的时间体力才能完全恢复，部分患者可能会遗留有高血压、肾功能减退、心肌劳损等后遗症，但大多数患者可以完全康复。