细菌性肠炎通常需要使用抗菌药物等进行治疗，一般可选用诺氟沙星等喹诺酮类药物，但18岁以下青少年禁用。
常用抗菌药物种类
喹诺酮类药物：如诺氟沙星，它对肠道常见的致病菌有较好的抗菌作用，能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥抗菌功效，但18岁以下人群由于骨骼发育可能受影响，所以禁用。头孢菌素类药物：像头孢克肟，属于广谱抗生素，通过抑制细菌细胞壁的合成来杀菌，对多种引起肠炎的细菌有作用，不过对头孢类药物过敏者不能用。
辅助治疗药物
肠黏膜保护剂：比如蒙脱石散，它可以在肠道表面形成一层保护膜，吸附病原体和毒素，帮助减轻腹泻症状，儿童、成人都能使用，安全性较好。微生态调节剂：例如双歧杆菌四联活菌片，能调节肠道菌群平衡，抑制有害菌生长，有助于恢复肠道正常的消化吸收功能，儿童可在医生指导下使用。
特殊人群用药注意
儿童患者：儿童患细菌性肠炎用药需谨慎，若用喹诺酮类药物会影响骨骼发育，所以要避免使用。可根据病情选择合适的头孢类药物等，同时配合使用蒙脱石散等辅助药物，且用药剂量要严格按照儿童体重等计算。孕妇患者：孕妇患细菌性肠炎用药更要慎重，一般不首选喹诺酮类等可能对胎儿有影响的药物，会优先选择相对安全的头孢类药物，并且要密切监测胎儿情况，同时根据症状使用合适的辅助药物来缓解不适。