肝脓肿通常是由细菌、真菌或阿米巴原虫等病原体感染引起的。比如细菌性肝脓肿，主要是细菌通过胆道、门静脉、肝动脉等途径进入肝脏引发感染。一般来说，胆道逆行感染是常见的细菌入侵途径，像胆管结石导致胆道梗阻时，就容易继发细菌感染形成肝脓肿。
细菌感染引发肝脓肿
胆道途径： 当胆道存在梗阻，比如胆管结石、胆道蛔虫症等情况时，肠道内的细菌可经胆道逆行进入肝脏。例如胆管结石患者，结石堵塞胆管后，胆汁引流不畅，细菌容易在胆管内繁殖并侵入肝脏，进而引发肝脓肿。门静脉途径： 一些患有肠道感染性疾病的患者，细菌可经门静脉系统进入肝脏。比如患有阑尾炎、细菌性痢疾等疾病时，细菌随门静脉血流到达肝脏，若肝脏的防御功能不能及时清除这些细菌，就可能形成肝脓肿。
阿米巴原虫感染导致肝脓肿
肠道感染传播： 阿米巴原虫多是通过污染的食物或水进入人体肠道，然后侵入肠壁，再经门静脉系统到达肝脏。比如在卫生条件较差的地区，人们食用了被阿米巴原虫包囊污染的食物后，就可能感染阿米巴原虫，进而引发肝脓肿。
真菌感染引起肝脓肿
免疫力低下人群： 长期使用广谱抗生素、免疫抑制剂的患者，或者患有糖尿病等基础疾病导致免疫力下降的人群，容易发生真菌感染。真菌可经血流播散至肝脏，从而引起肝脓肿。例如长期使用广谱抗生素的患者，肠道正常菌群被抑制，真菌过度生长，可能经血流进入肝脏引发感染。