乳头内陷主要是由先天性发育异常引起，据统计，约有2%～5%的女性存在不同程度的乳头内陷。
先天性发育因素
乳腺导管短缩： 在胚胎发育时期，乳腺导管和乳头周围的组织发育异常，导致乳腺导管短缩，对乳头产生牵拉作用，从而引起乳头内陷。这种情况从出生时就可能存在一定的发育基础。乳头平滑肌发育不良： 乳头部位的平滑肌发育不完善，正常情况下平滑肌的收缩能帮助乳头突出，但发育不良时就无法很好地发挥作用，使得乳头不能正常突出而内陷。
疾病相关因素
乳房疾病： 某些乳房疾病也可能导致乳头内陷。例如乳腺肿瘤，当乳房内的肿瘤生长到一定程度，侵犯周围组织，包括连接乳头的组织时，就可能牵拉乳头引起内陷。像乳腺导管癌，癌细胞侵犯乳腺导管及其周围组织，会影响乳头的正常形态。另外，乳腺炎后期形成瘢痕组织，也可能牵拉乳头导致内陷。
穿着因素影响
内衣不合适： 长期穿着过紧的内衣，尤其是过小的胸罩，会对乳房造成挤压，尤其是在青春期乳房发育阶段，如果内衣不合适，会限制乳头的正常发育，导致乳头内陷的发生。比如青春期女孩为了追求身材苗条，过早穿戴过于紧身的胸罩，就容易影响乳头的正常突出。束胸行为： 一些不恰当的束胸行为，会阻碍乳房的正常发育，包括乳头的正常生长，长期束胸会使乳头无法向外正常生长而陷入乳房内部。
手术创伤影响
乳房手术史： 曾进行过乳房相关手术的患者，手术过程中如果损伤了乳头周围的组织，如进行过乳腺肿瘤切除术等手术，术后局部组织修复形成瘢痕，瘢痕收缩可能牵拉乳头导致内陷。例如进行乳腺癌改良根治术时，若处理不当，可能影响乳头的正常位置而引发内陷。