扁桃体肥大的处理需根据具体情况来定。如果是儿童扁桃体肥大，一般6岁以下的孩子扁桃体是免疫器官，有一定防御功能，轻度肥大且无明显症状可不特殊处理，但要注意观察。如果是成人扁桃体肥大，若影响呼吸、吞咽，或者反复发炎等情况可能需要干预。
观察等待情况
对于一些生理性肥大且没有明显不适的情况，比如儿童扁桃体肥大但不影响呼吸、睡眠，也没有反复发炎的情况，可以选择观察等待。要定期观察扁桃体的大小变化以及是否出现相关症状，比如是否有睡觉打呼噜、呼吸暂停等情况。一般观察的时间可以是每3 - 6个月复查一次，通过医生检查来评估扁桃体肥大的情况有无变化。
药物治疗情况
如果扁桃体肥大是由炎症引起的，比如急性扁桃体炎导致的扁桃体充血、肿大，这时候可以使用药物治疗。常用的药物有抗生素，如青霉素类抗生素，如果对青霉素过敏可以选用头孢类抗生素等。但使用抗生素要在医生指导下进行，一般疗程可能需要7 - 10天左右，要按照医生规定的剂量和疗程使用，不能自行停药。另外，还可以使用一些局部药物，比如含漱液，像复方硼砂含漱液等，用来清洁口腔，减轻扁桃体局部的炎症反应，缓解不适症状。
手术治疗情况
当扁桃体肥大严重影响生活质量时可能需要手术治疗。比如扁桃体过度肥大，导致睡眠中频繁打呼噜、呼吸暂停，影响正常的通气功能，这种情况下可以考虑手术切除扁桃体。手术一般适用于年龄在5岁以上，且扁桃体肥大已经严重影响生活的患者。手术前需要进行一系列的检查，如血常规、凝血功能、心电图等，评估患者的身体状况是否能够耐受手术。手术后要注意口腔护理，避免感染，一般术后1 - 2天需要吃流食，如牛奶、豆浆等，然后逐渐过渡到半流食、软食等，恢复时间一般需要2周左右。