胃底部间质瘤主要的治疗方法是手术治疗，若病理检查结果为恶性则需及早进行化疗药物治疗。具体如下：
一、低危险度的间质瘤：当病人的间质瘤大于2cm且为低危险度时，可采取手术治疗，包括内镜下切除或外科手术局部切除。将胃间质瘤切除后通常无需后续治疗。
1.内镜下切除：这是一种通过内镜进入胃部进行操作的方式，能较为精准地切除间质瘤，对患者身体的损伤相对较小。
2.外科手术局部切除：通过传统的外科手术方式，在局部将间质瘤完整切除，能有效去除病灶。
二、恶性肿瘤：胃底部间质瘤中有40%可能为恶性。若切除后病理结果为恶性，需进行化疗治疗；若间质瘤较大，在手术切除后通常还需辅以药物治疗以控制肿瘤扩散。
1.化疗治疗：利用化学药物来抑制肿瘤细胞的生长和繁殖，从而达到治疗目的。
2.辅佐药物治疗：帮助进一步抑制肿瘤的发展和扩散，提高治疗效果，改善患者预后。
总之，胃底部间质瘤的治疗需根据具体情况选择合适的方法，包括手术以及根据病理结果决定是否化疗或辅以药物治疗等，以达到较好的治疗效果。