肝内胆管结石的治疗存在一定难度，且治疗方案需根据结石在胆道的位置、大小来确定。
一、如果结石位置与大小合适，可采用ERCP及EST治疗，这是创伤极低的方案，术后恢复快。ERCP即内镜逆行胰胆管造影术，是将内镜经口插入十二指肠降部，通过内镜活检孔道插入造影导管，并逆行插入胆管或胰管内，注入造影剂后进行X线摄片，以显示胆管和胰管的技术。EST即内镜下乳头括约肌切开术，是在ERCP的基础上，用高频电刀将十二指肠乳头括约肌切开的技术。这种治疗方法主要适用于胆总管结石、乳头括约肌狭窄、Oddi括约肌功能障碍等疾病。
二、若结石较大，则有时会采取内镜处理，依据结石位置选择不同手术方案，其伤害较传统手术低。内镜下治疗结石的方法有多种，比如内镜下胆管结石取除术、内镜下胆管支架置入术等。
三、但有时因结石大小、胆道畸形或胆道结石复发，手术难度会大增，这种情况下手术规模需扩大，会带来一定创伤。比如结石过大可能导致内镜无法有效处理，胆道畸形可能使手术操作更为复杂，结石复发可能需要更彻底的手术方式来解决问题。
总之，肝内胆管结石的治疗较为复杂，需要综合考虑多种因素来选择合适的治疗方案，以达到较好的治疗效果并尽量减少创伤。