判断肿瘤良恶性可以通过多种依据来进行，其中病理活检是金标准。一般来说，通过病理检查能明确肿瘤是良性还是恶性。
形态学表现
显微镜下细胞形态：在显微镜下观察肿瘤细胞的形态是重要依据。良性肿瘤的细胞形态通常较为接近正常细胞，分化程度高，细胞大小、形态较一致；而恶性肿瘤细胞分化程度低，细胞大小、形态不规则，可能出现核大、深染、核质比例失调等情况。例如，良性的纤维瘤细胞形态与正常纤维细胞相似，而恶性的纤维肉瘤细胞则形态怪异。生长方式：良性肿瘤多呈膨胀性生长，往往有包膜，与周围组织界限清楚，通常可以推动；恶性肿瘤多呈浸润性生长，没有包膜或包膜不完整，与周围组织粘连，不易推动。比如肝血管瘤是良性肿瘤，呈膨胀性生长，与肝组织界限清晰；而肝癌是恶性肿瘤，呈浸润性生长，与周围肝组织分界不清。
生物学行为
生长速度：多数良性肿瘤生长缓慢，可能在很长时间内体积变化不大；而恶性肿瘤生长速度较快，短期内可能明显增大。例如，皮肤的良性脂肪瘤可能数年才稍有增大，而恶性黑色素瘤则可能在几个月内迅速增大。转移能力：良性肿瘤一般不转移，它局限在原发部位；恶性肿瘤具有转移能力，可通过淋巴道、血道等途径转移到身体其他部位。像肺癌早期可能通过淋巴转移到肺门淋巴结等部位，晚期还可能转移到脑、骨等远处器官。
对机体的影响
对机体的危害程度：良性肿瘤通常对机体的危害较小，主要是局部压迫或阻塞，例如生长在颅内的良性肿瘤如果压迫脑组织会引起相应症状，但一般不会危及生命；恶性肿瘤对机体的危害较大，除了局部压迫、阻塞外，还会破坏组织、器官的结构和功能，导致患者出现消瘦、贫血、发热等恶病质表现，严重时可危及生命。比如胃癌是恶性肿瘤，随着病情进展会导致患者消化功能严重受损，出现大量失血、营养不良等情况，威胁生命。