判断良恶性肿瘤最主要的依据是病理组织学检查。病理组织学检查是通过获取肿瘤组织进行显微镜下观察，能直接明确肿瘤细胞的形态、结构等特征，从而精准判断肿瘤是良性还是恶性，准确率较高。
病理组织学检查的具体方式
穿刺活检： 对于一些深部或体表较难直接切除的肿瘤，可采用穿刺的方法获取少量组织。比如肺部肿瘤，有时会通过经皮肺穿刺获取组织进行病理分析，这种方法相对创伤较小，但需要操作精准。手术切除活检： 通过手术直接切除肿瘤组织进行检查，这是最直接获取完整组织的方式。切除的组织会被迅速送往病理科进行处理和观察。
影像学检查的辅助作用
影像学表现特点： 影像学检查如CT、MRI等能提供肿瘤的大小、位置、与周围组织关系等信息。一般来说，恶性肿瘤在影像学上常表现为边界不清、形态不规则，可能有侵袭周围组织的表现；而良性肿瘤通常边界清晰，形态规则。例如，良性的肝血管瘤在CT上常表现为边缘清晰的低密度影，而恶性的肝癌可能边界模糊且有侵犯血管等表现，但影像学表现只能作为参考，最终确诊还需病理。PET - CT检查： 可以通过检测肿瘤细胞的代谢活性来判断良恶性。恶性肿瘤细胞代谢活跃，在PET - CT上常表现为高代谢灶，但也有一些良性病变可能出现假阳性，所以不能仅依靠PET - CT来确诊，还需结合病理。
血液肿瘤标志物的参考价值
常见肿瘤标志物： 一些血液中的肿瘤标志物可以辅助判断肿瘤的良恶性。比如甲胎蛋白（AFP），在肝癌时常常明显升高，但肝炎、肝硬化等良性肝病也可能导致AFP轻度升高；癌胚抗原（CEA）在结肠癌、肺癌等恶性肿瘤时可能升高，但某些良性胃肠道疾病等也会有轻度升高。所以血液肿瘤标志物只能作为参考指标，不能单独用于确诊良恶性肿瘤，需要结合临床症状、影像学等多方面综合判断。动态观察标志物： 肿瘤标志物的动态变化也有一定意义。如果肿瘤标志物持续升高，提示恶性肿瘤的可能性较大；而良性病变引起的标志物升高通常升高幅度较小且相对稳定。但这都不能替代病理组织学检查的金标准地位。