判断良恶性肿瘤最重要的依据是病理组织学检查。病理组织学检查能通过显微镜观察肿瘤细胞的形态、结构等特征来明确肿瘤性质，准确率较高。
病理组织学检查的方式
穿刺活检： 对于一些体表或靠近体表的肿瘤，可以用穿刺针获取少量肿瘤组织进行检查。比如乳腺肿块，通过粗针穿刺可以取得组织样本，一般在局部麻醉下操作，相对简便，能较快获取诊断依据。手术切除活检： 完整切除肿瘤组织进行检查是最直接的方式。当肿瘤较大或其他活检方式难以明确时，通过手术将肿瘤切除后，对整个组织进行病理分析，能更全面准确判断良恶性。
影像学检查的辅助作用
影像学检查的种类： 像CT、MRI、超声等影像学检查可以初步判断肿瘤的大小、位置、与周围组织的关系等。例如CT检查能清晰显示肺部肿瘤的形态、有无转移等情况，但影像学检查只能提供间接信息，不能最终确诊良恶性。影像学表现特点： 良性肿瘤在影像学上通常边界清晰，形态规则；恶性肿瘤往往边界不清，形态不规则，可能有浸润性生长等表现，但最终还得靠病理检查来确定。
血液肿瘤标志物的辅助参考
常见肿瘤标志物： 比如甲胎蛋白（AFP）对于肝癌有一定辅助诊断价值，癌胚抗原（CEA）对结肠癌等有一定参考意义。但肿瘤标志物升高并不一定就是恶性肿瘤，因为一些良性疾病、妊娠等情况也可能导致其轻度升高；而有些恶性肿瘤患者肿瘤标志物可能正常。所以血液肿瘤标志物只能作为辅助判断良恶性肿瘤的参考指标，不能单独依靠它来确诊。