治疗毛囊炎常用的药物有抗生素类药物等，比如外用的莫匹罗星软膏，一般局部涂抹后能较快改善症状。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 这是一种常用的外用抗生素，对多种革兰阳性球菌有抗菌作用，适用于革兰阳性球菌引起的毛囊炎。它可以直接涂抹在毛囊炎的患处，能抑制细菌的生长繁殖。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有较好的抗菌活性。涂抹后能有效减轻炎症反应，缓解毛囊炎的红肿、疼痛等症状。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌感染导致的毛囊炎，使用酮康唑乳膏就比较合适。它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。特比萘芬乳膏： 同样适用于真菌性毛囊炎，通过干扰真菌细胞麦角固醇的合成，起到杀菌和抑制真菌生长的效果，帮助改善因真菌感染引发的毛囊炎症状。
中药类外用药
金黄散： 用醋或蜂蜜调敷在毛囊炎患处，有清热解毒、消肿止痛的作用。对于一些热毒蕴结型的毛囊炎有一定疗效，能减轻局部的红肿热痛等表现。鱼石脂软膏： 具有温和的刺激性，可促使毛囊内的脓液排出，帮助炎症消退。适用于毛囊炎初期红肿明显但还未化脓的情况，能促进病情好转。
注意事项
对于儿童患者使用治疗毛囊炎的药物要格外谨慎，比如儿童使用外用抗生素类药物时，要注意药物的浓度和使用方法，避免过量使用或误用。孕妇如果患有毛囊炎需要用药，应在医生的指导下选择相对安全的药物，因为孕妇的身体状况特殊，药物可能会对胎儿产生影响。同时，在使用药物治疗毛囊炎期间，要注意保持皮肤清洁，避免搔抓患处，防止感染加重或扩散。如果毛囊炎症状持续不缓解或加重，应及时就医，调整治疗方案。