怀孕初期孕酮低的原因主要包括黄体功能不足、甲状腺功能失调以及生理性因素。具体如下：
一、黄体功能不足。当黄体功能出现异常时，会导致孕酮值降低，甚至在25ng/ml以下。这时需要到医院检查明确到底是内分泌疾病、胚胎染色体异常还是其他原因引起的，以便进一步治疗。
二、甲状腺功能失调。孕妇甲状腺功能失调，体内会出现胰岛素抗体，进而造成孕酮低。
三、生理性因素。由于孕酮是一种释放性激素，所以在不同时间测量，其数值可能会有较大变化。
对于怀孕初期孕酮低的治疗方法如下：
1.生活方面：
(1)多吃富含维生素、豆类和果胶类的食物，饮食以清淡为主，多补充叶酸。
(2)调节体内分泌，注意休息，每天坚持适当走动以活动身体。
(3)避免性行为，保持心情舒畅，不要过度忧郁。
2.药物治疗：可以服用黄体酮胶囊药物或通过肌肉注射来及时补充黄体酮，从而改善孕酮过低的情况。如果情况过于严重，则要根据医生建议进行保胎治疗，最好卧床休息，避免各种剧烈活动。具体用药需根据医师嘱托。
总结概况提示：本文阐述了怀孕初期孕酮低的原因及治疗方法，原因有黄体功能不足、甲状腺功能失调和生理性因素，治疗可从生活方面和药物方面着手，同时强调要遵循医嘱用药。