怀孕初期孕酮低可能由多种原因引起。一般来说，黄体功能不全是常见原因之一，女性卵巢中的黄体分泌孕酮，如果黄体功能不足，就会导致孕酮分泌量减少。另外，胚胎发育异常也可能致使怀孕初期孕酮低，比如胚胎染色体异常等情况，会影响激素的正常分泌。还有甲状腺功能减退等内分泌疾病，也可能干扰孕酮的合成与分泌，从而造成怀孕初期孕酮低。
黄体相关因素导致孕酮低
卵巢黄体本身问题： 女性卵巢中的黄体是分泌孕酮的重要结构。如果黄体发育不良，其分泌孕酮的功能就会受限。正常情况下，黄体在排卵后形成，会持续分泌一定量的孕酮来支持早期妊娠。但如果黄体发育欠佳，就无法产生足够的孕酮，进而导致怀孕初期孕酮低。黄体期异常： 正常的黄体期一般维持在14天左右。如果黄体期缩短，那么黄体分泌孕酮的时间就会相应减少，也会引起孕酮水平降低，影响早期妊娠的稳定。
胚胎因素引发孕酮低
胚胎染色体异常： 当胚胎出现染色体数目或结构异常时，会影响胚胎的正常发育，同时也会影响相关激素的分泌。例如，染色体数目异常可能导致胚胎发育过程中激素调节出现紊乱，使得孕酮分泌不足，从而在怀孕初期出现孕酮低的情况。胚胎着床异常： 如果胚胎着床位置不理想等情况，也可能影响孕酮的分泌。胚胎正常着床后才能更好地刺激母体分泌维持妊娠所需的孕酮，着床异常会干扰这一过程，导致孕酮水平偏低。
内分泌疾病影响孕酮低
甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的激素对人体的内分泌系统有重要调节作用。当发生甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，进而影响孕酮的合成与分泌。甲状腺功能减退可能导致整个内分泌调节紊乱，使得怀孕初期孕酮水平降低。肾上腺疾病： 肾上腺也参与激素的分泌调节。如果肾上腺出现疾病，比如肾上腺皮质功能不全等，会影响相关激素的分泌，间接影响孕酮的水平。肾上腺分泌的一些激素会对孕酮的代谢等产生影响，当肾上腺功能异常时，就可能导致怀孕初期孕酮低。