胆管结石的治疗方法需根据病情而定，一般来说，对于无症状的胆管结石，可定期观察；而有症状或出现并发症的胆管结石，多需要手术等治疗。比如，对于一些较小的胆管结石，可先尝试药物辅助排石，但如果结石较大或引起严重胆管梗阻等情况则需手术。
药物治疗情况
利胆药物： 熊去氧胆酸等利胆药可能有助于小的胆管结石的排出，它能增加胆汁酸分泌，改变胆汁成分，降低胆汁中胆固醇及胆固醇酯的含量，从而有利于结石的溶解，但一般适用于结石较小、胆囊功能较好的情况。不过，使用这类药物需要在医生指导下进行，且起效相对较慢。抗感染药物： 如果胆管结石引发胆管炎等感染情况，会使用抗感染药物，如头孢类抗生素等，来控制炎症，但这只是辅助治疗，不能从根本上解决结石问题。
手术治疗方式
腹腔镜胆管切开取石术： 这是一种微创手术方式，通过在腹部打几个小孔，插入腹腔镜和手术器械进行胆管切开取石。相比传统开腹手术，具有创伤小、恢复快等优点，一般术后1周左右可恢复基本活动，住院时间通常在7 - 10天左右。胆肠吻合术： 对于胆管因结石等原因导致狭窄等情况，可能需要做胆肠吻合术，将胆管与肠道吻合，以恢复胆汁的正常引流，但术后需要注意防止胆道感染等并发症。
内镜治疗手段
内镜逆行胰胆管造影（ERCP）： 通过口腔、食管、胃到达十二指肠，找到胆管开口，插入导管至胆管内，可取出结石。这种方法对于合适的胆管结石患者是一种有效的治疗手段，无需开腹，术后恢复相对较快，一般住院3 - 5天左右就能出院，但也存在一定穿孔等并发症风险。内镜下括约肌切开术（EST）： 在ERCP基础上，切开胆管括约肌，便于取出结石，不过术后要注意预防出血、感染等情况。