胆管结石的治疗方法需根据具体情况选择，一般来说，对于较小的胆管结石，可先尝试药物辅助排石等方法，而较大或症状明显的可能需要手术治疗。比如，无症状的胆管结石可先观察，每3~6个月复查一次超声；有症状的胆管结石可能需要积极干预。
药物治疗辅助
利胆药物： 如熊去氧胆酸等，可促进胆汁分泌，一定程度上帮助胆管结石的排出，但一般适用于结石较小、胆囊功能较好的情况。不过，这类药物起效相对较慢，可能需要连续服用数周甚至数月。抗感染药物： 当胆管结石伴有胆道感染时，会使用抗感染药物，如头孢菌素类等，用来控制炎症，但药物只是暂时缓解感染症状，不能从根本上解决结石问题。
手术治疗方式
腹腔镜胆总管切开取石术： 这是比较常用的手术方式，通过腹腔镜在腹部打几个小孔，进入腹腔后切开胆总管取出结石。这种手术创伤相对较小，恢复相对较快，一般术后1周左右可以基本恢复进食并出院，住院费用大概在1万~3万元左右（因地区、医院等不同有差异）。胆肠吻合术： 对于胆管结石合并胆管狭窄等情况可能会采用此手术。将胆管与肠道吻合，使胆汁引流通畅，但术后可能存在胆汁反流等并发症风险，恢复时间相对长一些，住院费用可能在2万~4万元左右。
内镜治疗手段
内镜逆行胰胆管造影（ERCP）取石： 通过口腔、食管、胃到达十二指肠，找到胆管开口，插入内镜取出结石。这种方法适用于胆总管下端结石等情况，创伤更小，术后恢复更快，一般术后观察1~2天无特殊即可出院，费用大概在1万~2万元左右，但并非所有胆管结石都适合此方法。经皮肝穿刺胆道镜取石： 对于一些复杂的胆管结石，通过经皮肤穿刺肝脏进入胆道，利用胆道镜取出结石，适用于高位胆管结石等情况，不过创伤相对稍大，恢复时间也会因个体差异有所不同，费用大概在2万~5万元左右。