功能性消化不良常见的症状有上腹部不适，约有超过半数的患者会出现上腹部疼痛或烧灼感，这种不适通常没有明显的规律，可能在进食后加重或减轻。
一、餐后不适综合征表现
早饱感： 患者进食少量食物就感觉胃部饱胀，好像肚子已经很满了，一般进食量较正常减少1/3以上。例如，正常能吃一碗饭，现在吃半碗就觉得饱得吃不下去了。餐后饱胀： 进食后不久就出现胃部胀满感，持续时间可能长达数小时，即使吃很少的东西也会有这种感觉，影响患者后续的进食欲望。
二、上腹痛综合征表现
上腹部疼痛： 疼痛部位多在剑突下（胸骨下端的部位）至脐水平以上区域，疼痛性质多样，可为钝痛、胀痛、刺痛等。疼痛程度一般不等，有的患者疼痛较轻，仅感觉腹部有不适感，有的则疼痛较为明显，影响日常生活。上腹部烧灼感： 患者会感觉到上腹部有类似火烧的感觉，就像有一股热流在胃部涌动，这种烧灼感可能会在进食后有所加重，也可能在空腹时出现。
三、其他伴随症状
恶心呕吐： 部分患者会出现恶心的感觉，严重时可能会伴有呕吐，呕吐物多为进食的食物，一般呕吐量不多。食欲不振： 患者对食物的兴趣降低，不想吃东西，即使看到喜欢的食物也没有食欲，长期可能导致体重下降等问题。嗳气： 患者会频繁地嗳气，感觉胃内有气体需要排出，通过嗳气来缓解胃部的不适感觉，有时嗳气会带有酸臭味。