功能性消化不良常见的症状有上腹痛、上腹胀等。一般来说，约有40% - 80%的功能性消化不良患者会出现上腹痛症状，疼痛程度不一，多无规律性。
上腹部疼痛相关症状
餐后疼痛： 部分患者会在进食后出现上腹部疼痛，疼痛程度轻重不同，有的是隐痛，有的可能较为明显，但没有固定的时间规律，可能进食少量食物就会引发。无规律疼痛： 上腹部疼痛没有明显的餐前或餐后特定规律，可能在空腹时也会出现疼痛，或者在进食后一段时间才出现疼痛，疼痛性质多样，可能是钝痛、刺痛等。
上腹部饱胀相关症状
早饱感： 患者可能感觉进食少量食物就有饱腹感，好像胃已经很满了，即使还没吃多少东西，也会觉得饱得不能再吃了。一般这种早饱感会让患者进食量明显减少，比如原本能吃一碗饭，现在吃几口就觉得饱了，无法继续正常进食。上腹胀满： 整个上腹部会有胀满不适的感觉，持续时间可长可短，有的患者可能持续几个小时，有的则会持续一整天。这种胀满感会影响患者的食欲和消化功能，让患者感觉肚子里有东西不消化，很胀。
其他消化道相关症状
嗳气： 患者会频繁出现嗳气现象，就是俗称的“打饱嗝”，可以是自觉有气体从胃内向上涌出，然后经口腔排出。嗳气后有时会感觉上腹部稍微舒服一点，但很快又会有想嗳气的感觉。恶心： 部分功能性消化不良患者会有恶心的感觉，有些患者可能会伴有呕吐，但呕吐一般不剧烈，呕吐物多为胃内的内容物。恶心的感觉可能在进食后加重，也可能没有明显的诱因就出现。