治疗灰指甲常用的药物主要有外用药物和口服药物。一般来说，外用抗真菌药物如阿莫罗芬搽剂等，疗程相对较长，可能需要数月；口服抗真菌药物如伊曲康唑胶囊等，通常需要连续服用几个疗程。
外用抗真菌药
阿莫罗芬搽剂：它是局部外用的抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，发挥抗真菌作用。每周使用1 - 2次即可，使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲上。不过，使用过程中可能会出现局部皮肤轻度的烧灼感、瘙痒、红斑等不良反应。环吡酮胺乳膏：也可用于灰指甲的外用治疗，能改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌的代谢过程。涂抹在病甲周围皮肤时，要注意避免接触到正常皮肤，使用后如果局部出现红肿、疼痛等不适，应停止使用并就医。
口服抗真菌药
伊曲康唑胶囊：属于全身用抗真菌药，它可以抑制真菌细胞色素P450酶，影响真菌细胞膜合成。一般采用冲击疗法，即连续服用7天，停药21天为一个疗程，通常需要2 - 3个疗程。但使用前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要慎用。特比萘芬片：同样是口服抗真菌药，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成。成人一般每天服用250mg，连续服用6 - 12周，不过也需要监测肝功能，孕妇及哺乳期妇女禁用。
其他注意事项
灰指甲治疗过程比较漫长，要坚持用药。在治疗期间，要保持足部或手部的清洁干燥，勤换鞋袜，避免与他人共用拖鞋、脚盆等生活用品，防止交叉感染。如果是儿童患有灰指甲，由于儿童的肝肾功能发育不完善，口服抗真菌药物要特别谨慎，一般优先考虑外用药物，且需要在医生的严格指导下使用。同时，对于合并有糖尿病等基础疾病的患者，治疗灰指甲时要积极控制基础疾病，因为基础疾病可能会影响灰指甲的治疗效果和恢复情况。