灰指甲治疗常用的药物主要有外用抗真菌药和口服抗真菌药。一般来说，外用药物适用于症状较轻的患者，而口服药物对于病情较严重的效果相对更好，但口服药有一定副作用需谨慎使用。比如外用的阿莫罗芬搽剂，每周使用1-2次，连续使用几个月可能有效果；口服的伊曲康唑胶囊，通常采用冲击疗法，但是需要注意其对肝脏等可能产生影响。
外用抗真菌药：
阿莫罗芬搽剂：它是一种局部外用的抗真菌药物，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲上，一般每周使用1 - 2次。不过它起效相对较慢，可能需要连续使用几个月才能看到明显效果，而且对于比较严重的灰指甲，单独使用效果可能有限。环吡酮胺乳膏：同样属于外用抗真菌药，能渗入真菌细胞膜，改变细胞的渗透性，从而起到杀菌作用。使用时涂抹在病甲及周围皮肤，一天使用1 - 2次。它对轻度的灰指甲有一定的治疗作用，但对于病甲增厚严重的情况，效果可能不佳。
口服抗真菌药：
伊曲康唑胶囊：是一种口服的广谱抗真菌药物，采用冲击疗法，即服用一周，停药三周为一个疗程。它可以抑制真菌细胞的麦角固醇合成，达到抗真菌的目的。不过服用伊曲康唑需要监测肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响，而且孕妇、哺乳期妇女以及有严重肝脏疾病的人禁用。特比萘芬片：也是口服抗真菌药，它能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的形成。一般是每天服用一次，连续服用几周。但同样，服用期间要关注肝脏功能，有严重肝肾功能不全的患者要慎用。
辅助治疗相关：
病甲修剪：在使用药物治疗灰指甲之前，最好先对病甲进行适当修剪，把增厚、变色的部分尽量清除，这样可以让药物更好地渗透到病甲内部发挥作用。不过修剪时要注意工具的清洁，避免交叉感染。保持足部干燥：灰指甲的发生和真菌滋生有关，保持足部干燥可以抑制真菌的生长繁殖。比如穿透气性好的鞋子和袜子，每天更换袜子，洗脚后要把脚趾间的水分擦干等。