甲状腺功能减退主要是因为甲状腺激素合成及分泌减少，或其生理效应不足所致机体代谢降低的一种疾病。据统计，全球约有2%的人群会受到甲状腺功能减退的影响。
自身免疫因素
自身免疫性甲状腺炎：像桥本甲状腺炎是最常见的自身免疫性甲状腺疾病，约占自身免疫性甲状腺功能减退病因的90%左右。患者体内会产生攻击甲状腺的自身抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）和甲状腺球蛋白抗体（TgAb），这些抗体破坏甲状腺细胞，导致甲状腺激素合成减少。其他自身免疫疾病关联：患有1型糖尿病、Addison病等其他自身免疫疾病的人群，发生甲状腺功能减退的风险会增加。比如1型糖尿病患者中，甲状腺功能减退的发生率比普通人群高不少。
甲状腺破坏因素
放射性碘治疗后：很多甲亢患者会接受放射性碘治疗，放射性碘会破坏甲状腺细胞，使甲状腺激素分泌能力下降。一般在放射性碘治疗后的几个月到几年内，可能会逐渐出现甲状腺功能减退，有研究显示约50%接受放射性碘治疗的甲亢患者在10年内会发展为甲状腺功能减退。手术切除甲状腺：因甲状腺癌等疾病进行甲状腺大部分或全部切除术后，甲状腺组织减少，甲状腺激素合成来源不足，也容易引发甲状腺功能减退。如果是全部切除甲状腺，患者就需要终身补充甲状腺激素。
碘摄入异常因素
碘缺乏：碘是合成甲状腺激素的重要原料，饮食中碘摄入不足会导致甲状腺激素合成减少。在一些碘缺乏地区，人群甲状腺功能减退的患病率明显高于碘充足地区。比如一些山区、远离海洋且饮食中碘含量低的地区，居民患甲状腺功能减退的比例相对较高。碘过量：短时间内摄入大量碘也可能引起甲状腺功能减退。比如长期服用含碘药物，像胺碘酮等，可能会影响甲状腺的正常功能，导致甲状腺激素合成和释放出现异常，从而引发甲状腺功能减退。